Por iniciativa del Centro de Investigación Folklórico Musical de la Universidad Nacional de Colombia, se creó en 1966 el Museo Organológico Folklórico Musical, después de haber adquirido un pequeño número de instrumentos musicales tradicionales colombianos, resultado de investigaciones en diversos lugares del país. El museo se inauguró el 9 de junio en el primer piso de las antiguas residencias Uriel Gutiérrez –lugar donde funcionaba el Departamento de Música adscrito a la Facultad de Artes– bajo la curaduría del maestro Guillermo Abadía Morales.

Con el pasar de los años, el Museo Organológico Folklórico Musical devino Museo Organológico Musical y se traslado al primer piso del Conservatorio de Música del campus de la Universidad y, finalmente, en el 2006 se convirtió en Colección Museográfica Organológica Musical custodiada en el Claustro de San Agustín. La misión museológica del Museo, misión que se refleja con claridad en la actual Colección, se dispuso con el fin de reunir instrumentos típicos colombianos, coleccionar partituras referentes a los temas de la música tradicional e instituir un archivo de grabaciones de campo que recopile los cantos y tonadas de las diferentes culturas musicales del territorio colombiano.

[La Colección Museológica de  Organología Musical se encuentra custodiada en el Claustro de San Agustín (los instrumentos) y en la Biblioteca Gabriel García Márquez (las grabaciones y las partituras) de la Universidad Nacional de Colombia].